Die Verfahren der Gebietsmeldung unterscheiden sich bei Vogelschutz- und FFH-Richtlinie grundlegend voneinander. Bei der Vogelschutz-Richtlinie sind die Gebiete mit der Meldung durch den Mitgliedsstaat an die EU bereits gültige Schutzgebiete für Natura 2000. Es findet keine neuerliche Prüfung und Bestätigung der Gebiete statt.

Für den Aufbau des FFH-Schutzgebietsnetzes hat die EU einen Zeitrahmen vorgegeben, der sich über drei Phasen von 1992 bis 2004 erstreckt. Die Umsetzung dieses Zeitplans ist aber erheblich in Verzug geraten, da die FFH-Richtlinie in Deutschland beispielsweise erst 1998 in Bundesrecht umgesetzt wurde.

Die Mitgliedsstaaten ermitteln die Gebiete, die den fachlichen Kriterien der Richtlinie entsprechen. Diese Gebiete werden der Europäischen Kommission in Form nationaler Listen gemeldet und sind versehen mit ergänzenden Daten- und Kartenmaterialien, aus denen Naturausstattung und naturschutzfachliche Bedeutung ersichtlich sind.

Meldetranchen: Nach der ersten so genannten „Meldetranche“, also nach den ersten nationalen Gebietslisten, die an die Europäische Kommission gemeldet worden waren, bestand aus Sicht der Kommission Nachmeldebedarf. Aus diesem Grund gab es eine zweite und dritte Tranche der Gebietsmeldung, die Anfang 2005 in Deutschland weitgehend abgeschlossen wurden.

Aus den nationalen Listen wird nach Abstimmung zwischen Europäischer Kommission und nationalen Regierungen eine verbindliche Auswahl getroffen. Als Grundraster für die Bewertung der nationalen Listen dienen sieben biogeographischen Regionen. Für jede dieser biogeographischen Regionen werden die so genannten „Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung“ gesondert ausgewählt.

Die ausgewählten Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung in den jeweiligen Mitgliedsstaaten werden gesichert. Für Schutz, Pflege und Entwicklung der dort vorkommenden Lebensräume, Tier- und Pflanzenarten werden konkrete Maßnahmen festgelegt.