Eine wesentliche Verpflichtung der Mitgliedsstaaten im Rahmen der FFH-Richtlinie ist, alle sechs Jahre über den Zustand der Bestandteile des Natura 2000-Netzes in ihrem Zuständigkeitsbereich Bericht zu erstatten. Es handelt sich hier um die erste umfassende gesetzliche Regelung zur Erfolgskontrolle im Naturschutz. Grundlage der Berichtspflicht ist Artikel 17 der FFH-Richtlinie.

Auf Grundlage der nationalen Berichte erstellt die Europäische Kommission einen zusammenfassenden Bericht. Der zusammenfassende Bericht enthält unter anderem eine Bewertung des Erhaltungszustandes der Arten und Lebensraumtypen gemeinschaftlichen Interesses auf dem Gebiet der Europäischen Union. Die Berichte der Mitgliedsstaaten müssen diese Informationen dementsprechend enthalten.

Neben Angaben zu den im Rahmen der FFH-Richtlinie durchgeführten Erhaltungsmaßnahmen sollen die Berichte die Auswirkungen der durchgeführten Maßnahmen auf den Erhaltungszustand der Lebensraumtypen und Arten aufführen. Außerdem sind die wichtigsten Ergebnisse der allgemeinen Überwachung des Erhaltungszustandes von Arten und Lebensraumtypen im Bericht enthalten.

Der erste Bericht gemäß Artikel 17 ist im Jahr 2001 abgegeben worden. Er beinhaltet im wesentlichen eine allgemeine Darstellung der Umsetzung der FFH-Richtlinie in Deutschland mit den hierbei auftretenden Schwierigkeiten. Mit dem Folgebericht (Berichtsperiode 2000-2006) wird erstmals ein umfassender Bericht im Sinne einer Erfolgskontrolle des Erhaltungszustandes der Lebensraumtypen und Arten der FFH-Richtlinie erforderlich.

Eine Status quo-Erhebung der gemeldeten FFH-Gebiete als Bewertungsgrundlage hierfür ist bereits von mehreren Bundesländern begonnen worden. In Bund-Länder-Arbeitskreisen werden gegenwärtig Empfehlungen zur Erfassung des Erhaltungszustandes erarbeitet.