Die biogeographischen Regionen dienen als Grundraster für die Bewertung und Flächenauswahl der zukünftigen FFH-Gebiete. Sie weisen jeweils besondere Charakteristika hinsichtlich der dort vorkommenden Arten und Lebensräume auf.

Die FFH-Richtlinie unterscheidet neun biogeographische Regionen:

• alpin (Hochgebirgsregionen)
• atlantisch
• Schwarzes Meer
• boreal (nordeuropäisch)
• kontinental (mitteleuropäisch)
• makaronesisch (Kanaren, Azoren, Madeira)
• mediterran
• pannonisch (osteuropäisch)
• grassic

In Deutschland liegen drei der biogeographischen Regionen: alpin, atlantisch und kontinental. Dabei besitzt Deutschland eine besondere Verantwortung für die hierzulande weit verbreiteten Lebensraumtypen mittlerer Standorte, die zwar noch häufig vorhanden, aber insgesamt stark beeinträchtigt sind. Dazu gehören beispielsweise die meisten Buchenwaldtypen.