In Deutschland sind die Bundesländer für die Auswahl geeigneter Natura 2000-Gebiete zuständig.

Auf Bundesebene wird vom Bundesumweltministerium (BMU) und dem Bundesamt für Naturschutz (BfN) eine Reihe von koordinierenden Aufgaben wahrgenommen, um trotz der föderalen Struktur ein weitgehend einheitliches Vorgehen bei der Umsetzung der Richtlinien zu gewährleisten.

Wichtige länderübergreifende Entscheidungen bezüglich Natura 2000 werden in der Länder-Arbeitsgemeinschaft für Naturschutz (LANA) von Vertretern der Bundesländer und des Bundes getroffen.