Die Vorgaben der FFH- und Vogelschutzrichtlinie wurden von Deutschland verspätet im Oktober 1998 über eine Änderung des Bundesnaturschutzgesetzes in nationales Recht umgesetzt. Auch bei den auf nationaler Ebene zuständigen Bundesländern traten erhebliche zeitliche Verzögerungen bei der Meldung von Schutzgebieten an die EU-Kommission auf. Überwiegend erfolgte die Gebietsmeldung nur auf Grund des massiven Druckes der EU-Kommission, die mit der Sperrung von Fördermitteln gedroht hatte. Das Verfahren zur Meldung der Schutzgebiete an die EU-Kommission führte in allen Bundesländern zu mehr oder weniger erheblichen Konflikten:
Die Heftigkeit der Auseinandersetzung kann damit erklärt werden, dass Betroffene die Festsetzung von Natura 2000-Gebieten als Akt von Außenstehenden, auf den sie keinen Einfluss haben, empfinden. Dies liegt auch daran, dass sie sehr spät und z.T. überstürzt integriert wurden. Landesbehörden stellen sich vor Ort häufig als reine Vollstrecker von EU-Recht dar, bei dem ihnen Gestaltungsspielraum fehlt. Die Auswirkungen, die diese Gebiete für die Betroffenen haben, sind nicht nur diesen, sondern z.T. auch den umsetzenden Verwaltungen unklar. Ein weiterer Gesichtspunkt ist, dass Natura 2000-Gebiete großflächig sind und auch die „Normal-Landschaft“ in erheblichem Umfang mit einbeziehen.
Gerade im Zuge der FFH-Diskussion haben sich Wissenschaftler und Institutionen des Naturschutzes verstärkt in der Forschung mit dem Thema Akzeptanz auseinander gesetzt. Unter Betrachtung der bisher aufgetretenen Probleme ist es essentiell, dass die Erkenntnisse und ersten Ansätze zur Förderung von Akzeptanz angesichts der großen naturschutzfachlichen und –politischen Bedeutung von Natura 2000 möglichst schnell in der Praxis Anwendung finden. Die geführten Auseinandersetzungen dürfen auf keinen Fall weiter eskalieren, da dies ansonsten auch für den gesamten Naturschutz zu einem Negativ-Image führt.
Der DVL hat im Zeitraum Juni 2001 bis Februar 2002 in Zusammenarbeit mit örtlichen Partnerverbänden (sechs Landschaftspflegeverbände, eine Biologische Station) in sechs sehr unterschiedlich strukturierten Gebieten im gesamten Bundesgebiet Vorarbeit für das Projekt geleistet:
Dabei wurden mit den zuständigen Naturschutzbehörden und den jeweils Betroffenen konkrete Möglichkeiten der Umsetzung der europäischen Naturschutzrichtlinien diskutiert. Die anfänglich oftmals sehr kontroversen Auseinandersetzungen führten trotzdem zu einer Einigung und es wurden letztendlich für alle sechs Gebiete konkrete Strategien entwickelt und Maßnahmen gefunden, die sowohl aus naturschutzfachlicher Sicht dringend notwendig sind, als auch auf eine hohe Akzeptanz bis aktive Unterstützung der betroffenen Nutzergruppen und Kommunen stoßen. Aus diesen sechs Gebieten wurden zwei ausgewählt – die Mittlere Oder in Brandenburg und der Bellheimer Wald mit Queichtal in Rheinland-Pfalz. Dort sollen die in dieser Vorphase besprochenen Strategien weiter konkretisiert und in der Praxi erprobt werden.