Damit die biologische Vielfalt erhalten bleibt, braucht sie einen besonderen Schutz. Für die Lebensräume oder die Arten, die zur Ausweisung eines Natura 2000-Gebietes geführt haben, gilt ein Verschlechterungsverbot – alles was einen negativen Einfluss haben könnte, wird nicht zugelassen.

Rechtmäßig bestehende Nutzungen können dabei in der Regel fortgeführt werden.

Manche Lebensräume, wie beispielsweise Trockenrasen und Heiden, wären ohne die Einwirkungen des Menschen gar nicht erst entstanden. Für diese Gebiete bedeutet das Verschlechterungsverbot, dass hier die notwendigen Pflege- und Bewirtschaftungsmaßnamen durchgeführt werden müssen. Hier bieten sich zur Erhaltung und wenn möglich Verbesserung der Lebensräume Bewirtschaftungsvereinbarungen mit der Land- und Forstwirtschaft an.

Pläne und Projekte innerhalb und außerhalb von Natura 2000-Gebieten sind auf ihre Verträglichkeit mit den für die Gebiete festgelegten Erhaltungszielen zu überprüfen. Vorhaben, die absehbar negative Auswirkungen auf die zu schützenden Arten oder Lebensräume haben, sind nicht zuzulassen.

Die endgültige Auswahl der Natura 2000-Gebiete trifft die EU-Kommission aus den Meldelisten der Mitgliedstaaten im gegenseitigen Einvernehmen. Sobald dies geschehen ist, sind die Mitgliedstaaten verpflichtet, die Gebiete dauerhaft auf rechtliche, administrative oder vertragliche Weise zu sichern. Dies kann in Deutschland auf unterschiedliche Arten erfolgen:

• durch Unterschutzstellung nach den jeweiligen Naturschutzgesetzen der Bundesländer als Natur- oder Landschaftsschutzgebiet, als Naturdenkmal oder Geschützter Landschaftsbestandteil;
• nach weiteren landeseigenen Rechtsvorschriften, wie Wassergesetzen, Waldgesetzen oder auch durch Festsetzungen in Bebauungsplänen, wenn diese einen gleichwertigen Schutz bieten;
• naturschutzrechtliche Vorschriften sind dann nicht erforderlich, wenn ein gleichwertiger Schutz auch durch vertragliche Vereinbarungen mit den Nutzungsberechtigten der Flächen erreicht werden kann. Hierzu zählt z.B. der Vertragsnaturschutz.